Desde 2007, Funcas premia la excelencia del trabajo de investigación económica y social en su formato académico por excelencia: la tesis doctoral.
Estos premios, nominados en honor al eminente profesor Fuentes Quintana, tienen como objetivo recompensar el esfuerzo, el compromiso y el duro trabajo que exige la realización de una tesis doctoral.
Para ello, con carácter anual, Funcas convoca anualmente un único Premio Enrique Fuentes Quintana para tesis doctorales. Este premio está dotado con una cantidad de 8.000 euros brutos y la publicación de la tesis en la colección Estudios de la Fundación.